Windows で PEAR を動作させるには、 PEAR をインストールしたディレクトリ (例えばc:\php\pear)を php.ini の include_path ディレクティブに 追加すれば良いだけです。
注意。 *nix 特有のコマンドを使用するために、 Windows で動作しないクラス (たとえばSchedule/At.php)があります。