PEAR の初期の要素は php-src/pear ディレクトリに保存されており、 各 PHP リリースにバンドルされていました。
PEAR の将来のリリースは、 PHP のリリースにバンドルするには大きくなりすぎるでしょうから、 その方法はうまくありません。 それで、すべての新しい要素は、pear という トップレベルディレクトリにコミットすることにしました。 今のところ php-src/pear にある他の要素も、まもなくこの新しい トップレベルディレクトリに移されます。 PFC コードと、PEAR パッケージマネージャだけが、自動的に PHP の新しいリリースに バンドルされるようになります。