Stig Bakkenの回答。
インストールされた後の最終的な階層構造とは異なり、 CVS においては、PEAR のコードはパッケージごとにまとめられています。 たとえば、XML_RPC クラスを使いたいときは、"XML/RPC.php" を読み込みます。 単純に想像すれば、CVSにおいてそのファイルは pear/XML/RPC.php にありそうですが、そうではありません。 XML_RPC は、独立のパッケージでCVS内に自身のディレクトリを持ちます。 つまり、RPC.php は pear/XML_RPC/RPC.php にあります。 パッケージ記述ファイル (package.xml) は、ファイルが最終的にどこに インストールされるかを示すために使われます。
CVS がこのように構成される理由は、 パッケージ管理がはるかに簡単になる方法だからです。