Stig Bakkenの回答。
php-src/pear/ のディレクトリ構造は、 単純な階層構成で、そのインストールツリー (デフォルトでは/usr/local/lib/php) に適した構造になっています。 しかし、pear/ の構造は、 ファイルがどのパッケージに属するかに基づきます。 各パッケージのディレクトリ中でのファイルの位置は、 インストールされた後の位置とは完全に独立です。 インストール後の位置は、パッケージ記述ファイルにより決定されます。